Viện Khoa học Kỹ thuật Nổng lâm nghiệp Tây Nguyên có nhiệm vụ:
1. Căn cứ phương hướng mục tiêu phát triển kinh tế xã hội, các chương trình khoa học công nghệ về nông nghiệp. lâm nghiệp, thủy lợi, phát triển nông thôn ... tiến hành xây dựng chương trình, kế hoạch nghiên cứu khoa học, chuyển giao tiến bộ kỹ thuật của Viện trình Bộ xét duyệt;
2. Nghiên cứu khoa học, chuyển giao công nghệ về nông lâm nghiệp, thủy lợi vùng - Tây nguyên bao gồm các nội dung chủ yếu sau đây:
- Nghiên cứu lai tạo, chọn lọc, nhân giống các loại cây trồng, vật nuôi; phòng trừ sâu, bệnh hại; các biện pháp kỹ thuật canh tác; hệ thống nông lâm nghiệp; bảo vệ môi trường sinh thái; chế biến bảo quản các sản phẩm nông lâm nghiệp và thức ăn gia súc phục vụ cho sự phát triển nông lâm nghiệp vùng Tây nguyên. Nghiên cứu kinh tế xã hội, hạ tầng cơ sở nông nghiệp nông thôn của Vùng.
- Nghiên cứu phát triển Lâm nghiệp và bảo vệ rừng.
- Nghiên cứu phát triển Thủy lợi nhằm sử dụng, bảo vệ tài nguyên đất, tài nguyên nước và thủy điện nhỏ.
- Nghiên cứu thị trường, nghiên cứu chế biến bảo quản nông lâm sản.
3. Tham gia đào tạo, tư vấn đầu tư, dịch vụ chuyển giao tiến bộ khoa học kỹ thuật vào sản xuất và sản xuất kinh doanh thuộc các lĩnh vực nghiên cứu của Viện theo các quy định hiện hành của Nhà nước.
4. Thực hiện hợp tác quốc tế về khoa học – công nghệ thuộc lĩnh vực nông lâm nghiệp, bảo vệ môi trường sinh thái nhằm phục vụ cho sự phát triển nông lâm nghiệp vùng Tây nguyên theo phân cấp của Bộ và quy định hiện hành của Nhà nước.