Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch (Tr. ĐHYK PNT) được thành lập trên cơ sở Trung tâm Đào tạo Bồi dưỡng Cán bộ Y tế TP. HCM (TTĐTBDCBYT TP.HCM) ngày 07-01-2008.

Trước đây, ngay từ khi thành lập năm 1989, TTĐTBDCBYT TP.HCM được giao nhiệm vụ như một trường Đại học Y của Thành phố Hồ Chí Minh, nên trong suốt quá trình phát triển 20 năm, TTĐTBDCBYT TP.HCM trước đây và nay là Trường ĐHYK Phạm Ngọc Thạch đã đào tạo  14 khóa gồm hơn 1422 bác sĩ đa khoa chính qui tham gia vào hệ thống y tế của Thành phố, bên cạnh đó, trường cũng đã cung cấp hơn 8.000 điều dưỡng và trên 500 bác sĩ tuyến y tế cơ sở (hệ đại học y tập trung 4 năm) bổ sung cho nguồn nhân lực y tế cho vùng sâu vùng xa của các tĩnh thành phía Nam từ Đà Nẵng trở vào. Các sản phẩm của Trường được xã hội chấp nhận và đánh giá khá cao, mà bằng chứng là mỗi năm, Trường nhận được số nhiệm sở yêu cầu từ các đơn vị y tế của Thành phố và đơn vị Trung ương dóng trên địa bàn Thành phố gấp 5 lần số bác sĩ và gấp 4 lần số điều dưỡng tốt nghiệp. Bên cạnh đò, Trường cũng bồi dưỡng sau đại học cho hàng ngàn bác sĩ các chuyên khoa như chẩn đóan hình ảnh, gây mê hồi sức, tai mũi họng …

Trường Đại học Y khoa Phạm Ngọc Thạch là trường đại học công lập nằm trong hệ thống giáo dục quốc dân của nước Cộng hòa Xã hội Chủ nghĩa Việt Nam, do Thủ tướng Chính phủ ra quyết định thành lập. Trường chịu sự quản lý trực tiếp của UBND TP.HCM, chịu sự quản lý nghiệp vụ của Bộ Giáo dục và Đào tạo và chịu sự quản lý chuyên môn của Bộ Y Tế.

Sứ mạng:

Trường ĐHYK Phạm Ngọc Thạch là một trường đa ngành, đa cấp thuộc khối ngành khoa học sức khỏe, chịu trách nhiệm đào tạo nguồn nhân lực y tế có trình độ cấp đại học, sau đại học và dưới đại học phục vụ cho công tác bảo vệ, chăm sóc và nâng cao sức khỏe cho cộng đồng tại Thành phố Hồ Chí Minh; tiến tới trở thành một cơ sở đào tạo và nghiên cứu y học trọng điểm của khu vực phía Nam của cả nước.

Mục tiêu đào tạo:

- Đào tạo Bác sĩ đa khoa trình độ đại học và Điều dưỡng trình độ cử nhân và cao đẳng.

- Bồi dưỡng, đào tạo nâng cao trình độ đội ngũ nhân lực y tế, từng bước triển khai đào tạo các loại hình sau đại học như Bác sĩ Chuyên khoa cấp I, cấp II, Nội trú, Thạc sĩ và Tiến sĩ.

- Nghiên cứu triển khai ứng dụng khoa học công nghệ, khoa học giáo dục, vào các nghiên cứu cơ bản, nghiên cứu lâm sàng và nghiên cứu sư phạm.

- Hợp tác quốc tế về đào tạo và nghiên cứu; trao đổi khoa học và chuyển giao công nghệ.