Bảo tàng thiên nhiên duyên hải miền Trung là một thiết chế văn hóa - khoa học, hoạt động theo cơ chế đơn vị sự nghiệp công lập trực thuộc Sở Khoa học và Công nghệ tỉnh Thừa Thiên Huế; đồng thời chịu sự quản lý nhà nước và hướng dẫn nghiệp vụ về bảo tàng của Bộ Văn hóa, Thể thao và Du lịch; là một bảo tàng thiên nhiên cấp khu vực, hoạt động theo quy chế phối hợp giữa các thành viên thuộc Hệ thống Bảo tàng thiên nhiên Việt Nam. Bảo tàng có chức năng nghiên cứu khoa học, sưu tầm, lưu giữ, trưng bày, phổ biến kiến thức, giới thiệu và quảng bá một cách đầy đủ và chuyên sâu về các giá trị thiên nhiên của khu vực.
