Cùng với việc đổi tên Sở và thay đổi chức năng nhiệm vụ, các đơn vị trực thuộc cũng được thay đổi tên gọi. Trung tâm Phát triển KH&CN đổi tên thành Trung tâm ứng dụng tiến bộ KH&CN; Trung tâm Kỹ thuật Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng đổi tên thành Trung tâm Phân tích Thử nghiệm Hiệu chuẩn. Thanh tra Sở KHCN&MT đổi tên thành Thanh tra Sở KH&CN. Tách nhiệm vụ quản lý công nghệ ra khỏi phòng Quản lý KH&CN, đổi tên phòng Quản lý KH&CN thành phòng Quản lý Khoa học và thành lập Phòng Quản lý Công nghệ. Cơ cấu tổ chức Sở KH&CN lúc này gồm: Văn phòng, Phòng Quản lý Khoa học, Phòng Quản lý Công nghệ, Thanh tra, và 4 đơn vị trực thuộc là Chi cục Tiêu chuẩn Đo lường Chất lượng, Trung tâm ứng dụng tiến bộ khoa học và công nghệ, Trung tâm Ứng dụng và phát triển công nghệ thông tin và Trung tâm Phân tích Thử nghiệm Hiệu chuẩn. Tháng 7 năm 2007 thực hiện quyết định UBND tỉnh chuyển bộ phận tin học thuộc Trung tâm Ứng dụng và phát triển công nghệ thông tin sang Sở Bưu chính viễn thông. Bộ phận Thông tin - Tư liệu về Sở và thành lập Phòng Thông tin - Tư liệu trực thuộc Sở KH&CN.
